हिजड़े जैविक रूप से स्त्री या पुरुष हो सकते हैं. जननांगों की बात करें तो वे वजाइना, पेनिस या द्विलिंग के साथ भी जन्म लेते हैं. हिजड़े वे कहलाते हैं, जिस शिशु के जननांग साफतौर पर मेल या फीमेल जैसे नहीं होते, इनके लिए intersex टर्म भी इस्तेमाल किया जाता है. इस कंडीशन को pseudo-hermaphrodites भी कहा जाता है. जिसका मतलब है, उनके अस्पष्ट गुप्तांग होते हैं. उनके ओवरी और टेस्टिस दोनों हो सकते हैं. या एक भी नहीं. जननांग एबनॉर्मल होने में पेनिस, टेस्टिस के साथ भग-शिश्न (clitoris) होना भी शामिल हो सकता है. कुछ शिशु पुरुष शरीर के साथ जन्म लेते हैं. लेकिन प्रौढ़ता के दौरान हॉर्मोनल डिसबैलेंस की वजह से उनके शरीर में ब्रेस्ट डेवलेप होते हैं. उस स्थिति को Gynacomastia कहते हैं. विज्ञान के मुताबिक वे हिजड़ा नहीं हैं. शुरुआत में मेल-फीमेल भ्रूण के जननांग एक ही टिश्यू से बनते हैं. टेस्टास्टरोन हार्मोन मेल रिप्रोडक्टिव टिश्यू बनाने में अहम रोल निभाते हैं. इसका हाई लेवल जननांगों को पेनिस बनाने में मदद करता है. वहीं scrotum और penile urethra भ्रूण को फीमेल बनाते हैं. टेस्टास्टरोन का लेवल कम या न होने से क्लिटर्स, लाबिया (दोनों फीमेल जननांग का हिस्सा) और वजाइना के लिए अलग नाल का निर्माण भ्रूण को फीमेल बनाता है. मेल जननांग पूरी तरह डेवलेप न होने की वजहों में टेस्टास्टरोन हार्मोन में कमी होना भी शामिल है. जिस वजह से मेल शिशु छोटे पेनिस और टेस्टिस के साथ जन्म लेता है. इनके टेस्टिस की स्किन उम्र के साथ कम या ज्यादा नहीं होती. फीमेल जननांग में क्लिटर्स बड़े होते हैं और लाबिया (आउटर लिप्स) आपस में जुड़े होते हैं. इसे fused labia कहा जाता है. अमूमन शिशुओं का लाबिया जुड़ा नहीं होता. यदि हो भी तो 6 माह तक नॉर्मल हो जाता है. लेकिन शिशु हिजड़ा हो तो उसका लाबिया उम्र बढ़ने के साथ प्राकृतिक रूप से अलग नहीं होता. जिसकी वजह शरीर में मेल हार्मोन की तादाद ज्यादा होना मानी जाती है. बड़े क्लिटर्स, छोटे पेनिस बनने को दर्शाते हैं. यदि शिशु को फीमेल जेंडर ठहराना तय किया जाए तो उभरे बाहरी जननांग की सर्जरी की जाती है. इस प्रोसेस में क्लिटर्स साइज घटाकर, मूत्रमार्ग (urethra) को ठीक कर वजाइना को नॉर्मल करते है.
ट्रांसजेंडर जन्म के समय खुद को निर्दिष्ट लिंग से नहीं जोड़ते. हिजड़ा समुदाय ट्रांसजेंडर का ही एक उप-समूह है. इसका चलन भारतीय उप-महाद्वीप में ज्यादा है.